Instytut jest interdyscyplinarnym ośrodkiem naukowo-dydaktycznym, który tworzą dwie jednostki: Centrum Europejskich Studiów Regionalnych i Lokalnych (EUROREG) oraz Ośrodek Studiów Amerykańskich (OSA). EUROREG prowadzi program dwuletnich stacjonarnych studiów drugiego stopnia (Projektowanie rozwoju regionalnego i lokalnego). Studia przekazują wiedzę na temat przebiegu procesów rozwoju społeczno-gospodarczego oraz narzędzi wykorzystywanych w zarządzaniu rozwojem regionalnym, lokalnym i miejskim. Kierunek wyróżnia się interdyscyplinarnym podejściem, łączącym perspektywy ekonomii, socjologii, geografii społeczno-ekonomicznej i gospodarki przestrzennej oraz nauk o polityce i administracji. Istotnym elementem programu jest współpraca dydaktyczna i badawcza, realizowana poprzez włączanie studentów w projekty naukowe prowadzone w EUROREG-u.Zaś Ośrodek Studiów Amerykańskich (OSA) prowadzi interdyscyplinarne studia w języku angielskim dotyczące amerykańskiej kultury, polityki oraz społeczeństwa. OSA uczestniczy w budowaniu studiów amerykanistycznych − jest miejscem otwartego dialogu, gdzie ważne jest, aby student podczas studiów konfrontował się z kontrowersjami i dochodził do własnych wniosków. OSA posiada też największą w tej części Europy bibliotekę amerykanistyczną.

Do 30 września 2017 roku w skład IAiE wchodziło także Centrum Studiów Latynoamerykańskich (CESLA: www.cesla.uw.edu.pl/cesla) zajmujące się prowadzeniem oraz popularyzacją studiów na temat Ameryki Łacińskiej, a także badaniami dotyczącymi m.in. Ameryki Łacińskiej XXI wieku czy też relacjami Polska-Ameryka Łacińska. 1 października CESLA zostało włączona do Ośrodka Studiów Amerykańskich, w ramach którego konstytuowana jest działalność dydaktyczna i naukowa Centrum.