Instytut jest interdyscyplinarnym ośrodkiem naukowo-dydaktycznym, który tworzą dwie jednostki: Centrum Europejskich Studiów Regionalnych i Lokalnych (EUROREG) oraz Ośrodek Studiów Amerykańskich (OSA). Centrum Europejskich Studiów Regionalnych i Lokalnych (EUROREG) zatrudnia specjalistów z zakresu ekonomii, socjologii, geografii, politologii, organizacji i zarządzania, którzy kształcą na kierunku gospodarka przestrzenna. Są to studia magisterskie uzupełniające, skierowane do absolwentów wyższych szkół o profilu ekonomiczno-społecznym. EUROREG specjalizuje się w badaniach regionalnych i lokalnych oraz w zagadnieniach polityki regionalnej, rozwoju miast, rozwoju obszarów wiejskich, działalności samorządu terytorialnego, ewaluacji polityk publicznych, a także transformacji postsocjalistycznej. Zaś Ośrodek Studiów Amerykańskich (OSA) prowadzi interdyscyplinarne studia w języku angielskim dotyczące amerykańskiej kultury, polityki oraz społeczeństwa. OSA uczestniczy w budowaniu studiów amerykanistycznych − jest miejscem otwartego dialogu, gdzie ważne jest, aby student podczas studiów konfrontował się z kontrowersjami i dochodził do własnych wniosków. OSA posiada też największą w tej części Europy bibliotekę amerykanistyczną.
Do 30 września 2017 roku w skład IAiE wchodziło także Centrum Studiów Latynoamerykańskich (CESLA: www.cesla.uw.edu.pl/cesla) zajmujące się prowadzeniem oraz popularyzacją studiów na temat Ameryki Łacińskiej, a także badaniami dotyczącymi m.in. Ameryki Łacińskiej XXI wieku czy też relacjami Polska-Ameryka Łacińska. 1 października CESLA zostało włączona do Ośrodka Studiów Amerykańskich, w ramach którego konstytuowana jest działalność dydaktyczna i naukowa Centrum.