Zespół naukowców pod kierunkiem dr Marii Górnej z Wydziału Chemii UW opracował nową metodę przygotowania RNA do sekwencjonowania. Odkrycie ułatwi badania ekspresji genów dla wielu gatunków grzybów, roślin i mikroorganizmów eukariotycznych.

Grupa naukowców zajmujących się biologią strukturalną, pod kierownictwem dr Marii Górnej z Wydziału Chemii UW, bada właściwości ludzkich przeciwwirusowych białek IFIT (ang. Interferon-induced proteins with tetratricopeptide repeats). W toku tych badań naukowcy opracowali nową metodę selekcji i wzbogacania RNA, objętą zgłoszeniem patentowym w Polsce, USA i Unii Europejskiej.

 

Metoda opracowana przez zespół dr Marii Górnej polega na wychwyceniu i wzbogaceniu kodujących RNA dzięki wiązaniu (przez białko IFIT1 unieruchomione na złożu) czapeczki na 5’ końcu RNA – tzw. grupy kap 0, która występuje tylko na końcach mRNA. Niekodujące RNA zostają „odpłukane” i usunięte z próbki, przez co poprawia się jakość danych otrzymanych z sekwencjonowania.

 

Analiza tak wzbogaconych RNA udowodniła, że nowa metoda z powodzeniem zastępuje komercyjne zestawy stosowane do przygotowywania próbek. Badacze wykazali, że uprzednio znana metoda, oparta na innym białku wiążącym kap, nie nadaje się do próbek RNA drożdży piekarskich – modelowego organizmu w badaniach ekspresji genów i metabolizmu RNA.

 

Usprawnienia we wzbogacaniu mRNA zaproponowane przez naukowców umożliwiają rozwój badań nad ekspresją genów w szerokim zakresie gatunków charakteryzujących się występowaniem kap 0. Obejmuje to organizmy od grzybów po rośliny, w tym również patogeny powodujące choroby grzybicze lub pasożytnicze.

 

Wyniki prac zostały opublikowane w czasopiśmie „Nucleic Acids Research”. W badaniach uczestniczył też dr hab. Rafał Tomecki z Wydziału Biologii UW oraz naukowcy z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN, m.in. dr hab. Agata Starosta i dr Agnieszka Tudek. Badania zespołu dr Marii Górnej były finansowane m.in. z grantu LIDER NCBiR oraz EMBO Installation Grant.

Szczegóły publikacji

Martyna Nowacka, Przemysław Latoch, Matylda A. Izert, Natalia K. Karolak, Rafał Tomecki, Michał Koper, Agnieszka Tudek, Agata L. Starosta, Maria W. Górna, A cap 0-dependent mRNA capture method to analyze the yeast transcriptome, „Nucleic Acids Research”, 2022, DOI: 10.1093/nar/gkac903.