Nowa metoda przygotowania RNA do sekwencjonowania

Zespół naukowców pod kierunkiem dr Marii Górnej z Wydziału Chemii UW opracował nową metodę przygotowania RNA do sekwencjonowania. Odkrycie ułatwi badania ekspresji genów dla wielu gatunków grzybów, roślin i mikroorganizmów eukariotycznych.

Grupa naukowców zajmujących się biologią strukturalną, pod kierownictwem dr Marii Górnej z Wydziału Chemii UW, bada właściwości ludzkich przeciwwirusowych białek IFIT (ang. Interferon-induced proteins with tetratricopeptide repeats). W toku tych badań naukowcy opracowali nową metodę selekcji i wzbogacania RNA, objętą zgłoszeniem patentowym w Polsce, USA i Unii Europejskiej.

Metoda opracowana przez zespół dr Marii Górnej polega na wychwyceniu i wzbogaceniu kodujących RNA dzięki wiązaniu (przez białko IFIT1 unieruchomione na złożu) czapeczki na 5’ końcu RNA – tzw. grupy kap 0, która występuje tylko na końcach mRNA. Niekodujące RNA zostają „odpłukane” i usunięte z próbki, przez co poprawia się jakość danych otrzymanych z sekwencjonowania.

Analiza tak wzbogaconych RNA udowodniła, że nowa metoda z powodzeniem zastępuje komercyjne zestawy stosowane do przygotowywania próbek. Badacze wykazali, że uprzednio znana metoda, oparta na innym białku wiążącym kap, nie nadaje się do próbek RNA drożdży piekarskich – modelowego organizmu w badaniach ekspresji genów i metabolizmu RNA.

Usprawnienia we wzbogacaniu mRNA zaproponowane przez naukowców umożliwiają rozwój badań nad ekspresją genów w szerokim zakresie gatunków charakteryzujących się występowaniem kap 0. Obejmuje to organizmy od grzybów po rośliny, w tym również patogeny powodujące choroby grzybicze lub pasożytnicze.

Wyniki prac zostały opublikowane w czasopiśmie „Nucleic Acids Research”. W badaniach uczestniczył też dr hab. Rafał Tomecki z Wydziału Biologii UW oraz naukowcy z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN, m.in. dr hab. Agata Starosta i dr Agnieszka Tudek. Badania zespołu dr Marii Górnej były finansowane m.in. z grantu LIDER NCBiR oraz EMBO Installation Grant.